Una limitación sustancial de la secuenciación de ARN de una sola célula era que cada célula sólo podía ser analizada una vez. En un artículo reciente publicado en “Nature” hemos demostrado que esto puede ser eludido por el etiquetado metabólico de ARN. Este truco experimental ahora ofrece oportunidades emocionantes para nuevos enfoques de análisis. En este proyecto, probaremos y estableceremos un método llamado “Secuenciación de heterogeneidad”. Para ello explotaremos la heterogeneidad natural de la expresión génica en células individuales para descubrir factores pro y antivirales. Los factores previstos serán validados en estrecha colaboración con nuestros socios virológicos. Todos los datos de celda única necesarios ya están disponibles.
El tema del doctorado se centra en el ámbito de la informática molecular y la comunicación para el diagnóstico animal y será en colaboración entre los centros de investigación TSSG y del Centro de Investigación en Biotecnología Farmacéutica y Molecular (PMBRC) del Instituto De Tecnología de Waterford. El objetivo del proyecto es desarrollar células de ingeniería que se puedan utilizar para crear sistemas lógicos informáticos, que se pueden utilizar para analizar señales moleculares que pueden indicar una serie de enfermedades dentro del intestino del animal. El candidato al doctorado colaborará con investigadores de TIC que se especializan en computación para adquirir conocimientos elementales en lógica digital y sistemas informáticos que se implementarán a través de la ingeniería sintética de células. El proyecto se basará en una variedad de técnicas de biología molecular, incluyendo PCR, secuenciación de genes, clonación, regulación y expresión de genes, síntesis de genes, detección de quórum y construcción de plásmidos recombinantes. El proyecto se basará también en técnicas de microbiología y expresión de proteínas en todo el mundo. El proyecto de doctorado será por 4 años y cubrirá las tasas además de un estipendio personal y gastos de investigación. Se espera que el candidato sea altamente automotivado y esté dispuesto a trabajar en un entorno de colaboración multidisciplinario para futuros temas emergentes en Agri. También se espera que el candidato sea automotivado, capaz de trabajar en su propia iniciativa y encajar con el ambiente amistoso dentro del equipo de investigación más amplio.
