Las cepas bacterianas en el microbioma intestinal humano pueden asociarse a su huésped durante décadas. Durante este tiempo, las mutaciones se acumulan en sus genomas, que son adaptativas, neutrales o deliberantes. En este proyecto, investigaremos tales mutaciones y su impacto evolutivo, utilizando una cohorte familiar establecida en el grupo anfitrión. El candidato desarrollará nuevos protocolos experimentales, para aumentar aún más la resolución metagenómica, dirigida a herramientas bioinformáticas desarrolladas en el grupo. En la segunda parte del proyecto, el candidato analizará la evolución a largo y corto plazo en estas bacterias intestinales reconstruidas metagenómicamente, utilizando la genética de poblaciones.
Si está interesado en desarrollar nuevos protocolos experimentales y aprender sobre metagenómica, si está interesado en comprender el destino evolutivo de las bacterias en el intestino humano, este doctorado será adecuado para usted. El candidato ideal disfrutará desarrollando protocolos de wetlab y tendrá interés en fortalecer sus habilidades computacionales (R y Linux). El candidato aprenderá sobre diferentes sabores de secuenciación metagenómica y cómo analizar e interpretar esas datos. Visitar conferencias internacionales y cursos de capacitación, así como intercambios con colaboradores internacionales son parte de la capacitación de estudiantes.